Находилась за церковью во дворе по адресу: ул. Греческая, 54. На ее содержание греческая община ежегодно отпускала 2950 руб. Штат учителей состоял из семи человек. Детей учили Закону Божию, счетоводству, арифметике, чистописанию, истории, пению. Наряду с греками в школу принимались русские ученики. Здесь учились дети из небогатых семей ремесленников, лавочников, приказчиков, матросов. Школа просуществовала до 1882 года, после чего здание было передано церкви. После революции в доме поселились фабричные рабочие. Здание сохранилось до наших дней, но полностью перестроено, обросло пристройками, крылечками, заборами. Доступа к нему нет.
Греческая школа известна тем, что в 1862-1866 гг. здесь обучался старший сын П. Е. Чехова – Александр, а в 1867-1868 гг. – Николай и Антон. Ал. П. Чехов оставил о школе нелицеприятные воспоминания. Но, как заметил М. П. Чехов, относиться к ним надо «с большой осторожностью». Как бы то ни было на самом деле, но Павел Егорович забрал детей из греческой школы и перевел в мужскую классическую гимназию.